Reke Tadžikistana so polno tekoče in večinoma pripadajo porečju Aralskega morja. In le nekaj jih teče v vode jezera Karakul ali reke Tarima.
Reka Amu Darja
Kanal Amu Darje poteka skozi ozemlje štirih držav hkrati - Afganistana, Tadžikistana, Uzbekistana in Turkmenistana. Skupna dolžina kanala je 2.400 kilometrov. Od tega 1415 kilometrov skozi državo. Izvir Amu Darje nastane ob sotočju dveh rek - Vakhsh in Pyanj. Ušće reke je voda Aralskega morja (ob sotočju tvori veliko delto).
V bližini reke je malo pritokov. V povprečju Amu Darja prejema vode Kafirnigan, Surkhandarya in Sherebad ter en levi pritok - reko Kunduz. In nadalje, do mesta sotočja ni več pritokov. Vode reke se aktivno uporabljajo, zato Amu Darja ne doseže Aralskega morja. Prav to je bil eden od razlogov za njegovo izsušitev.
V vodah Amu Darje je kar nekaj različnih vrst rib: oslina; plešast človek; aralski som; deverika; sabrefish; srebrni krap; Beli amur; sovražim.
Reka Vanj
Ena od rek, katerih kanal se nahaja izključno na ozemlju Tadžikistana. Je desni pritok reke Pyanj. Skupna dolžina reke je 103 kilometre. Vir nastane ob sotočju dveh rek - ena se spušča z ledenikov Vanchovega grebena, druga z grebena Akademije znanosti (zahodno pobočje). Kanal poteka med grebenoma Vanch in Darvaz.
Reka Kaškadarja
Teritorialno struga teče skozi dežele Tadžikistan (regija Sughd) in Uzbekistan (regija Kaškadarja). Običajno ima reka tri imena: v zgornjem toku - Obikhunda; srednji tečaj - Shinachasai; nižje - Maimanakadarya.
Skupna dolžina kanala je 378 kilometrov. Izvir reke je na nadmorski višini 2960 metrov in jo tvorita dve neimenovani reki. Glavni pritoki: Akdarya (Aksu); Tanhidizadarya; Guzardarya.
Reka Muksu
Skupna dolžina kanala je 88 kilometrov. Muksu se nahaja v regiji Jirgatal v Tadžikistanu. Vir je sotočje dveh rek: Seldara in Sauksoy (ledenika Fedchenko in Bolshoi Saukdar).
Reka Kuzylsu
Kyzylsu, kar pomeni "rdeča reka", teče po ozemlju Kirgizije in Tadžikistana. Vir so pobočja Translajske verige. Skupna dolžina kanala je 235 kilometrov. Ob sotočju z reko Muksu izvira reka Vakhsh.
Reka Vakhsh
Skupna dolžina rečnega kanala je 786 kilometrov in vsi gredo skozi ozemlje Tadžikistana. Izvir reke je na pobočjih Pamirja, vendar mesto njenega sotočja z vodami reke Pyanj povzroči veliko Amu Darjo. Reka je glavni vir namakanja in proizvodnje električne energije.
