Zgodovina Ufe sega v peto stoletje. Domnevno je bilo na ozemlju sodobne Ufe v tistem času srednjeveško naselje. Med največjimi mesti Zlate Horde je izjemni arabski avtor štirinajstega stoletja Ibn Khaldun imenoval mesto Bashkort (Bashgird). Zgodovinarji so s primerjalno analizo starodavnih zemljevidov in označb prišli do zaključka, da je na mestu prej omenjenega starega mesta tisto, kar predstavlja Ufa.
Uradni status mesta
V šestnajstem stoletju je na ozemlju današnje Ufe stal zimski sedež guvernerja Nogajske Horde Ture Khan. Ko je del Baškortostana vstopil v Moskovsko kraljestvo (1557), so se lokalni prebivalci obrnili na Ivana IV s predlogom, da na svojih deželah zgradijo mesto.
V šestnajstem stoletju (1574) je bila v bližini reke Sutoloka zgrajena trdnjava, to je trdnjava, kraj pa so začeli imenovati okrožje Ufa in Ufa je postala njegovo središče. Zapor v Ufi je bil zgrajen pod vodstvom Ivana Nagyja. Kasneje poslan iz prestolnice je bil Mihail Nagoj prvi vojvodina v okrožju, vodil je uradniško kočo v Ufi (pod poveljstvom je imel dvesto lokostrelcev).
Po izgradnji mestnega obzidja je trdnjava postala znana kot Kremlj. Kot dodatno zaščito so okoli njega zgradili ograjo iz trdnih hlodov, tesno zabitih drug poleg drugega, na dveh nasprotnih straneh konstrukcije pa so v severnem in južnem delu postavili hrastov stolp.
V osemnajstem stoletju je mesto prizadela kmečka vojna, upor je bil zatrt. Po tem se je Ufa združila s pokrajino Kazan, malo kasneje - z provinco Orenburg. V začetku 19. stoletja so se lokalne oblasti ukvarjale z urbanističnim načrtovanjem. Arhitekt V. Geste je narisal načrt razširjenih mestnih ulic. Bolshaya Kazanskaya Street je bila pripeljana do prihodnjega Gostiny Dvora in Verkhne-Torgovaya Square.
Dvajseto stoletje
Julija 1922 je bila z odločbo Vseslovenskega centralnega izvršnega komiteja provinca Ufa ukinjena. V 20-30 letih prejšnjega stoletja se je mesto začelo hitro razvijati. Bruto industrijska proizvodnja se je povečala 16 -krat. Med Veliko domovinsko vojno je bilo več deset industrijskih podjetij evakuiranih v Ufo. Tu so evakuirali tudi več raziskovalnih inštitutov.
V povezavi s povečanjem proizvodnje nafte po vojni so bile v Ufi zgrajene velike rafinerije nafte, aktivno se je razvijala strojništvo in kemična industrija.
