Zgodovina Evpatorije je zelo dolga, to mesto je bilo znano že v antiki. Potem je bilo njegovo ime drugačno: Grki so ga imenovali Kerkinitis. To je bila grška kolonija, ki so jo ustanovili Grki iz Male Azije. Izkazalo se je, da je mesto staro že 25 stoletij.
Zgodnja zgodovina
Naselje je tu obstajalo dolgo časa. Ker so tukaj našli kovance lastnega kovanja, so zgodovinarji ugotovili, da ima mesto svojo državnost. Tu je cvetela trgovina s skitskimi nomadi. Lokalni prebivalci so obdelovali zemljo, pridelovali žita in grozdje, iz katerega so pridelovali vino. Bližina morja je omogočala ribolov.
Mesto je nato doživelo odvisnost od hersoneške države. Toda to ni vplivalo na njegovo blaginjo. Vendar je že v II stoletju pr. Kerkinitido so ujeli Skiti, ki so potrebovali priročno pristanišče. Skiti so mesto uničili, zato se je lokalno prebivalstvo obrnilo po podporo k Mitriadu Eupatorju, pontskemu kralju. Pomoč je prispela v obliki čete pod vodstvom Diofanta, ki je premagal Skite in njihove zaveznike - Roksolana. Vendar se prebivalci Kerkinitide niso vrnili v svoje mesto.
Vojne
V srednjem veku je Krim osvojil Osmanski imperij, zato so tukajšnja naselja že imela turška imena krajev. Evpatoria, ki je dobila ime Gozlev, tega ni obšla. Tu je bila postavljena močna trdnjava. Utrdbo pa so uporabljali tudi v komercialne namene. Toda rusko-turška vojna je kljub temu obrnila stran v zgodovini tega mesta: leta 1774 so Osmanlije prenehale zahtevati Krim, ki je bil zavarovan s Kučukovo-Kainardžijsko mirovno pogodbo.
Takrat je mesto v spomin na Jevpator dobilo novo ime od cesarice Katarine II. Njena grška preteklost je bila očitno po njenem okusu v primerjavi s turško. 19. stoletje v zgodovini mesta je stoletje gradnje, ki ga je zatemnila šele krimska vojna. Evpatoria v tem stoletju slovi kot karaitsko kulturno središče. Do konca tega stoletja je bila Evpatoria cenjena kot letoviško mesto.
Sovjetsko obdobje
Strateški položaj mesta mu ni omogočal nenehnega vodenja odmerjenega življenja, polnega miru in sprostitve. Krim je najprej doživel Rdeči teror, nato pa po relativnem zatišju - okupacijo nemško -romunskih čet. Bilo je leta 1941 in našim četam je uspelo iz njih osvoboditi Jevpatorijo šele leta 1944. Vendar pretresom ni bilo usojeno, da se končajo, nacisti so bili izgnani, vendar je bil del lokalnega prebivalstva - krimski Tatari, Bolgari, Grki in Armenci po Stalinovem ukazu deportirani v druge regije ZSSR. Vse se je zgodilo v istih težkih vojnih letih.
Sčasoma se je življenje tukaj normaliziralo, vrnilo se je na letovišča: zgrajeni so bili sanatoriji različnih profilov; so bile ustanovljene znanstvene institucije za balneologijo.
To je na kratko zgodovina Evpatorije, a današnji dogodki kažejo, da se bodo v njej kmalu pojavile nove strani.