Reke Madagaskarja tečejo po brzicah. Vse glavne reke otoka tečejo od vzhoda proti zahodu.
Reka Betsibuka
Struga reke se nahaja v severozahodnih deželah otoka. Skupna dolžina toka je 525 kilometrov. In to je ena največjih otoških rek. Za Betsibuko je značilna značilna rdečkasto rjava barva vode. Razlaga tega pojava je zelo preprosta - vode reke vsebujejo veliko količino sedimentov, ki jih reka prenaša v morje.
Izvir reke se nahaja v središču otoka (severno od province Antananarivo). Reka izvira ob sotočju dveh rek - Amparihibe in Dzabu. Nato se Betsibuka odpravi proti severu in zajame vode reke Ikupa (blizu mesta Maevatanana). Betsibuca se izliva v vode zaliva Bumbetuca (Mozambiška ožina) in ob padcu tvori delto. Korito reke je plovno 130 kilometrov navzgor od mesta sotočja.
Rdeče-rjav odtenek vode v reki je znak ekološke katastrofe. Krčenje gozdov na površini otoka je pospešilo proces erozije tal. Posledično je skupna količina zemlje, ki jo izpere voda, neverjetno velika. In ker so to večinoma rdeča laterična tla, od tod tudi senca vode.
Sedimenti, ki jih reka nosi v svojih vodah, se usedejo na dnu izliva Betsibuka. In to je eden od razlogov za zamulitev dna zaliva Bumbetuka. Zaradi tega so pristanišče mesta Mahajanga, ki se nahaja tukaj, premaknili na zunanjo obalo otoka, saj je obstajala grožnja, da bodo na morje pristali morski ladje.
Reka Mangoki
Reka teče skozi dežele jugozahodnega dela otoka. Skupna dolžina toka Mangoki je 564 kilometrov. In to je najdaljša reka na Madagaskarju.
Vir se nahaja v provinci Fianarantsoa (pobočja osrednjega grebena). Reka nato teče proti zahodu in poteka skozi dežele province Tuliara. Kraj sotočja je voda Mozambiške ožine (v bližini mesta Morombe). Ko se izliva vanj, tvori veliko delto.
Kanal Mangoki poteka po težkem terenu. Južni del delte je bogat s pregradnimi otoki, plitvinami in naplavinami. Severni del delte ponuja številne močvirja in mangrove.
Reka Maninguri
Reka Maninguri se nahaja v vzhodnem delu Madagaskarja in ima skupno dolžino 260 kilometrov. Izvir reke je v jezeru Alautra. Skupna površina porečja je 12.645 kvadratnih kilometrov. Za reko je značilen buren tok. Kraj sotočja so vode Indijskega oceana (v bližini mesta Ampasina).
