Novgorod je bil prvič omenjen v kroniki leta 859 - ta datum velja za izhodišče za starost mesta. Leta 862 v "Povesti minulih let" je zgodba o poklicu Varjagov v Rusijo. Najstarejši od Varagovcev, ki je prišel, Rurik, je začel kraljevati v Novgorodu.
V začetku 11. stoletja se Novgorod po svoji strukturi ni razlikoval od drugih mest Kijevske Rusije. Toda leta 1014 je knez Yaroslav Modri zavrnil plačilo davka Kijevu in Novgorod se je dejansko osamosvojil. Gradnja kamnitih zidov mesta in kamnite Sofijske katedrale se začne v Novgorodu.
V drugi polovici 12. stoletja so Novgorodci pridobili pravico do veče - začeli so voliti škofa - najvišjo cerkveno oblast. Do konca 12. stoletja so Novgorodci prejeli pravico, da povabijo kneze iz katerega koli mesta k vladanju in z njimi sklenejo sporazum. Leta 1226 je na novgorodski prestol stopil Aleksander Jaroslavovič, ki se je kasneje imenoval Nevski.
V XIV stoletju se je mesto imenovalo Novgorodska republika in je bilo eno največjih in najbogatejših regij v Evropi. Republika je vključevala ozemlja sedanje regije Novgorod, Pskov, Leningrad, Arkhangelsk ter avtonomni republiki Komi in Karelija. Večina odkritih črk brezovega lubja pripada tudi temu času. Toda konec 15. stoletja so Novgorodci prisegli zvestobo moskovskemu knezu Ivanu III.
Leta 1570 je Ivan Grozni prišel v Novgorod, da bi pomiril meščane, obtožen lažnega razkritja želje po odhodu v Litvo. Gardisti so nekaj tednov razbijali in ropali Novgorod, pri tem pa je ubitih več tisoč prebivalcev.
V začetku 17. stoletja, v času stiske v Rusiji, so Novgorod zasedli Švedi, število prebivalcev se je zmanjšalo na 800 ljudi. V drugi polovici 17. stoletja so Novgorod naselili naseljenci iz Valdaja, Tikhvina in drugih okoliških mest. V 18. stoletju, z začetkom gradnje Sankt Peterburga, Novgorod dokončno izgubi svoj trgovski in gospodarski pomen. Konec 18. stoletja so Novgorod začeli obnavljati po splošnem načrtu. Leta 1862 so v mestu odprli spomenik tisočletju Rusije.
Med veliko domovinsko vojno so avgusta 1941 nacisti zasedli Novgorod. 20. januarja 1944 so ga osvobodile sovjetske čete.
Leta 1959 je Novgorod praznoval 1100 -letnico obstoja.
