Večina rek Hondurasa je goratih. Odpre se seznam največjih rek v celotni republiki - Patuka, Ulua in Aguan.
Reka Aguan
Reka poteka skozi ozemlja severnega Hondurasa, začenši v departmaju Yoro. Nato se odpravi na pot, izbere vzhodno smer in prečka dežele departmaja Colon. In potovanje se konča z izlivom v vode Karibskega morja (v bližini Santa Rosa de Aguán). Skupna dolžina toka doseže skoraj štiristo kilometrov. Aguana ima več pritokov.
Dolina reke se aktivno uporablja v kmetijstvu. V dolini v zgornjem / srednjem delu potoka so zelenjavna polja ter nasadi koruze in fižola. Dolina spodnjega toka je prepuščena rižu in agrumom. Tu gojijo tudi oljno palmo in platan.
Reka Riu-Sumpul
Rio Sumpul se poda skozi dežele dveh držav hkrati - El Salvador (njegov severozahodni del) in Honduras (jugozahodna ozemlja). Reka je zelo kratka - le sedemindvajset kilometrov - in po celotni dolžini služi kot meja, ki deli ozemlja teh držav.
Vir Rio Simpul se nahaja v Salvadorju. Tam reka prečka več občin (vse se nahajajo v enem oddelku - Chalatenango). Teče v vode Rio Lempa.
Reka Rio Torola
Rio Torola poteka skozi Srednjo Ameriko, teče skozi dežele El Salvador (severovzhod) in Honduras (južni del republike). Skupno trajanje Rio Torole je nekaj več kot sto kilometrov. Reka izvira na ozemlju Salvadorja, kjer se reka Lahitas združi s potokom Mansukupagua. Usta Rio Torola so vode Rio Lempa.
Reka Ulua
Struga reke prečka ozemlje Hondurasa na njegovem severnem delu, začenši na deželah departmaja Intibuca (nedaleč od La Paza, pobočij gora Cordillera de Mentesillos). Skupna dolžina toka je 358 kilometrov s skupno površino povodja skoraj triindvajset tisoč kvadratov.
Reka nastane ob sotočju rek Sasagua in Puringla. Vzvodno je znan kot Rio Grande de Otoro. Sprva reka teče proti severu in v tranzitu prečka Santa Barbaro, nato pa Ulua ostro zavije proti zahodu in mimo treh oddelkov - Yoro, Cortes in Atlantis - zaključi pot v vodah Honduraškega zaliva.
Reka Goaskoran
Goaskoran potuje po deželah Honduras in Salvador, ki prečkajo države v južnem delu. Dolžina toka je približno sto trideset kilometrov s povodjem dva tisoč šeststo triinšestdeset kvadratnih kilometrov.
Zadnjih osemnajst kilometrov toka je naravna meja med državama. Voda Goaskoran je vir pitne vode za prebivalce države, ki živijo na njenih obalah.
