Estonske reke so zelo majhne in med sedemsto rekami v državi se jih lahko le devet pohvali, da so premagale oznako sto kilometrov.
Reka Piusa
Piusa poteka skozi ozemlja dveh držav - Republike Estonije in Rusije. Skupna dolžina struge je triindevetdeset kilometrov. Razdelitev je naslednja: Estonija ima v lasti osemdeset kilometrov Piusa; delež ruskega ozemlja je predstavljal majhnih trinajst kilometrov. Skupna površina povodja je 796 kvadratnih kilometrov.
Izvir reke se nahaja na estonskih deželah v vodah jezera Alasjärv (vas Villa, ki se nahaja jugozahodno od vasi Vastseliina - dvanajst kilometrov). Ušće reke je ogledalo Čuskega jezera, nedaleč od vasi Budoviž. Ob sotočju se Piusu razcepi in v dve veji priteče v jezero.
Srednji tok reke - osemnajst kilometrov med vasicama Vastseliina in Saetamme - teče vzdolž čudovite votline. Ona je postala kraj, kjer je bil organiziran rezervat. Ustanovljeno je bilo leta 1965 in pokriva območje s skupno površino več kot devet kvadratnih kilometrov.
Reka Võhandu
Võhandu je najdaljša plovna pot v republiki. Njegova skupna dolžina je enainstinšestdeset kilometrov. Vir Võhandu se nahaja v bližini estonskega naselja Saverna. Nato se poda skozi globine jezera Jiksi in zaključi potovanje ter se poveže z vodami Toplega jezera. To se zgodi nedaleč od vasi Võõpsu.
Omeniti velja, da prebivalci pred jezerom Vagula to reko imenujejo Pyhajõgi, po izhodu iz njenih voda pa - Voo.
Plovila plujejo vzdolž reke vzdolž odseka, ki ga omejuje Peipsi jezero in pristanišče na ozemlju vasi Võõpsu. Številni potoki so glavni dobavitelji vode v Võhandu.
Reka Parnu
Pärnu je estonska reka s skupno dolžino štiriinštirideset kilometrov. Skupna površina povodja je skoraj sedem kvadratnih kilometrov. Izvir reke je miniaturno jezero s izvirom (nedaleč od Roosno-Alliku), vendar se konča s potjo Pärnu, ki se izliva v vode Pärnuskega zaliva (del Riškega zaliva, območje Baltskega morja).
Reka se napaja mešano. In če v zgornjem toku podzemne vode postanejo dobavitelji, potem v spodnjem toku dežuje. Reka pozimi ne zamrzne vedno. Če se to zgodi, se led oblikuje približno od drugega desetletja decembra in traja do konca marca.
Reka je plovna le v bližini sotočja. Korito reke na enajstih mestih blokirajo jezovi.
